Buentas Gabriel,
Creo que lo que te falta es evaluar el valor de T1.Line Total antes de hacer la operacion. Agregale un case para establecer cuando es valor cero. Quedaria asi,
Case when T1.LineTotal = 0 then 0 else AVG((1-((T1.Quantity*T1.StockPrice)/T1.LineTotal))*100) as 'Margen Almacen 01',